Jurusan Manajemen berada dalam naungan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Universitas Cenderawasih (FEB Uncen), dengan membawahi 3 (tiga) Program Studi, diantaranya: Program Studi Manajemen (S1), Program Magister Manajemen (S2), dan Program Doktor Ilmu Manajemen (S3). FEB Uncen awalnya didirikan tahun 1993 dengan nama Fakultas Ekonomi (FE) berdasarkan Keputusan yang dikeluarkan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 0367/O/1993 tentang Pembukaan Fakultas Ekonomi Pada Universitas Cenderawasih tertanggal 21 Oktober 1993. Pada Awal pendirian FEB Uncen, Jurusan Manajemen merupakan Jurusan pertama yang didirikan bersamaan dengan pendirian Fakultas Ekonomi saat itu, yakni didirikan pada tanggal 21 Oktober 1993 hingga saat ini telah mengalami banyak perkembangan dan berkontribusi dalam upaya peningkatan layanan pendidikan tinggi baik dalam skala lokal/universitas maupun nasional selaras dengan visi, misi, tujuan dan sasaran program studi.
Reputasi Jurusan Manajemen FEB Uncen dalam 10 tahun terakhir ini sangat baik, hal ini terbukti dengan jumlah peminat calon mahasiswa yang mendaftar untuk program studi ini selalu tertinggi di Uncen setiap tahunnya. Guna makin menguatkan reputasi tersebut, program studi terus membangun hubungan yang semakin kuat dengan para alumni, pengguna lulusan dan mitra guna peningkatan kualitas lembaga, peningkatan serapan lulusan di pasar kerja, dan semakin cepat masa tunggu kerja.