Program Studi Manajemen Ekonomi dan Bisnis Universitas Cenderawasih merupakan salah satu dari tiga program Strata Satu (S1) yang berada di bawah Ekonomi dan Bisnis Fakultas Universitas Cenderawasih. Didirikan melalui Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 0535/O/1994 yang dahulu bergabung di Fakultas Ilmu Sosial dan lmu Politik di bawah Jurusan Manajemen. Penetapan Jurusan/Prodi pada Fakultas Ekonomi dan Bisnis ditetapkan dengan surat keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi No 131/DIKTI/Kep/1994 yang disusul dengan Surat keputusan BAN PT No 157/SK/BA-PT/Ak-XVI/S/VII/2013 tanggal 20 Juli 2013 yang menyatakan Prodi Manajemen terakreditasi dengan peringkat B.

Berdirinya Program Studi Manajemen Jurusan Manajemen FEB Uncen merupakan kepedulian Uncen sebagai lembaga akademik yang fokus pada kepentingan dan kebutuhan masyarakat dan pemerintah akan tersedia sumber daya manusia yang cakap dan profesional dibidangnya sesuai dengan persyaratan yang dibutuhkan. Selain itu juga untuk mengenal potensi ekonomi yang ada didaerah untuk dikembangkan dan diberdayakan.